Su estructura geológica presenta una gran variabilidad, así la Zona Axial aparece en la cabecera de los valles del Aragón Subordán y del Aragón, y está constituida por pizarras, calizas, areniscas rojas y cuarcitas.

Hacia el sur aparecen las Sierras Interiores, constituidas por crestas de calizas cretácicas, con una altitud de 2159 metros en las Canteras del Alano, en el valle de Ansó, y que van ganado altura progresivamente, hasta los  2886 metros del Collarada en el Valle del Aragón.

La transición hacia la Depresión Media está ocupada por los relieves modelados por el flysch eoceno cretácico, con un gradual descenso desde los 2100 metros, en su contacto con las Sierras Interiores, hasta los 1100 metros sobre la Canal de Berdún.

La canal de Berdún está formada por una depresión de fondo plano, que se sitúa en una cota de 800 metros, recorrida por el río Aragón, desde que en Jaca pasa de su orientación N-S a E-O hasta Yesa en el límite con Navarra, y en la que se recogen todos los derrames fluviales que vienen desde el norte.

La canal de Berdún queda cerrada al sur por las sierras oligocenas de la Depresión Media, destacando dos grandes colosos, San Juan de la Peña con 1552 metros y Peña Oroel con 1769 metros, ambos constituidos por conglomerados oligocenos emergiendo de las molasas oligocenas.

El clima es muy variable según la orientación y la altitud, coexistiendo en muy pocos kilómetros zonas de tipo climático mediterráneo templado con otras de pirenaico húmedo, templado fresco y templado frío, siendo muy frecuentes las inversiones térmicas.

La pluviometría media oscila entre los 900 mm anuales en la canal de Berdún, hasta los 2000 mm de las cumbres, repartidos con bastante equidad a lo largo del año, aún cuando hay dos picos en primavera y en otoño.

La vegetación  como es lógico está influenciada tanto por la orografía como por la climatología. Normalmente se dispone por pisos, aunque con algunos matices debidos a la inversión térmica. Estos pisos son el basal, el montano, el subalpino y el alpino.

A grandes rasgos podemos decir que el piso basal está dominado por el encinar (Quercus ilex) y el quejigo o cajico (Quercus cerrioides), que es un roble de hoja marcescente. Ambos han sido muy castigados y se encuentran en muchas zonas en estado arbustivo, entremezclados con matorral formado por enebro (Juniperus comunis), gayuba (Arctostaphillos uva-ursi) y en las zonas más desfavorecidas por el erizón (Genista horrida), o simplemente han sido ocupados por tierras de labor o sustituidos por replantaciones de pinos.

El piso montano, que se extiende hasta los 1800 es el de más importancia forestal y la distribución de las diferentes especies depende de la altitud y de la orientación. La especie dominante es el pino albar (Pinus sylvestris), que busca las zonas de mayor insolación, con sotobosque de boj (Buxus sempervirens) o erizón (Genista horrida), al contrario que las hayas (Fagus sylvatica) y el abeto (Abies alba), que buscan orientaciones al NE más húmedas, y que pueden salir en masas más o menos puras, o lo que es más frecuente mezclados incluso con el pino albar, en las zonas donde este último se instala en un sotobosque musgoso y húmedo. En este piso también hay bosques de abedules (Betula pendula) y pies aislados o pequeños bosquetes de tejos (Taxus baccata), tilos (Tilia sp), serbales y mostajos (Sorbus sp), arces (Acer sp), alamos temblones (Populus tremula), avellanos (Corylus avellana), majuelos (Crataegus monogyna), endrinos (Prunus spinosa), acebos (Ilex aquifolium), etc.

El piso subalpino es como una faja de transición entre el piso montano y el piso alpino y está constituido por los bosques de pino negro (Pinus uncinata) y los prados.

El piso alpino, con suelos ácidos, suele estar ocupado por cervuno (Nardus stricta) y regaliz (Trifolium alpinum) y algunas especies del género Festuca.

Además y debido a los numerosos cauces fluviales se desarrolla en las orillas de los mismos un gran número de bosques de ribera, con chopos (Populus sp), sauces diversos (Salix sp), alisos (Alnus glutinosa) y Olmos (Ulmus sp).